M1

1er semestre

UE 1 [6 ECTS] « Ecologie Evolutive et Génétique des populations »

50 heures : 24h CM, 17h TD, 9h TP
Responsable : Frank Cézilly

Partie Ecologie Evolutive
32 heures : 12h CM, 11 H TD
Responsable : Frank Cézilly

Objectifs : Connaissance approfondie des concepts clés en biologie évolutive.

– Histoire des idées en évolution (dont Théorie neutraliste de l’évolution)
– Mécanismes évolutifs du maintien de la biodiversité (rappels du L3)
– Sélection naturelle : intensité, gradient de sélection
– Sélection Hard et soft, sélection intra- et inter-démique
– Méthodes d’étude de l’adaptation (introduction à l’analyse comparative)
– Spéciation: processus de spéciation
– Évolution des traits d’histoire de vie

Travaux dirigés : TD « pré-requis », TD « héritabilité », TD « gradients de sélection », TD construction d’un raisonnement évolutionniste (type exam blanc), Réflexion à partir de documents scientifiques de référence, Séminaires de l’Institut Buffon.

Partie Génétique des Populations
18 heures : 12h CM, 6h TD, 9h TP
Responsable : Aurélie Khimoun

Objectifs : Maîtrise approfondie des concepts clés en génétique des populations et maîtrise des formalisations et des outils génétiques modernes.

– Structuration des populations : Fis, Fst
– Hétérozygotie (mesures)
– Dépression de consanguinité
– Systèmes de reproduction
– Génétique des métapopulations
– Evènements démographiques : expansion, goulots d’étranglement
– Génétique de la conservation

Travaux pratiques et dirigés : Exercices en alternance avec le cours, de façon à concrétiser les exposés théoriques et à mieux faire comprendre leur contenu. Analyse de données à l’aide de logiciels informatiques.

UE 2 [6 ECTS] « Biologie des Populations et des Communautés »

(50 heures : 24h CM, 12h TD, 14h TP)
Responsable : Jérôme Moreau

Objectifs : Maîtrise approfondie des concepts essentiels en biologie des populations et des méthodologies associées. Application de ces concepts à la gestion des populations sauvages.

– Concepts de base en démographie et estimation des paramètres démographiques
– Dynamique des populations : croissance des populations (exponentielle, logistique), structure d’âge
– Fonctionnement source-puits, métapopulation
– Dynamique des interactions interspécifiques (compétition, prédation)

Travaux pratiques et dirigés : Exercices en alternance avec le cours, de façon à concrétiser les acquis théoriques et à faciliter leur compréhension. Une partie des séances se dérouleront sur le terrain, notamment lors d’un stage dédié à la biologie des populations d’invertébrés aquatiques.

TP Hydroécologie Quantitative en rivière – Le but de ce TP est d’aborder par un exemple pratique les premiers problèmes posés par la mise en oeuvre d’une approche quantitative des peuplements de macro-invertébrés, et par la réalisation d’un plan d’échantillonnage. Ce TP se divisera en 4 phases successives et se déroulera sur 3 ou 4 jours. La première phase consistera sur le terrain à se poser les premières questions sur les difficultés potentielles pour obtenir un échantillon standardisé de macro-invertébrés aquatiques dans les différents milieux de la rivière. La seconde phase se déroulera en salle et aura pour but de se familiariser avec l’identification des macro-invertébrés aquatiques et de mettre au point ensemble une problématique commune liée aux macro-invertébrés aquatiques. La troisième phase se déroulera sur le terrain et aura pour but de réaliser les échantillonnages que vous aurez décidé afin d’obtenir des données pour répondre à votre problématique. La dernière phase se déroulera en salle durant laquelle vous analyserez vos échantillons récoltés lors de la troisième phase.

UE 3 [6 ECTS] « Biostatistique »

50 heures : 20h CM, 12h TD, 18h TP
Responsable : Stéphane Garnier

Objectifs : Apporter certains outils méthodologiques classiquement utilisés pour décrire et tester les phénomènes biologiques.

– Introduction au modèle linéaire
– Comparaisons d’échantillons indépendants (ANOVA à deux facteurs et plus, ANOVA hiérarchique)
– Relation entre variables (Régressions multiples, pas à pas, non linéaires)
– Analyse de covariance

Travaux pratiques et dirigés : Développement « à la main » de certaines étapes d’analyse et utilisation d’un logiciel de statistiques (logiciel R)

UE 4 [6 ECTS] « Outils »

70 heures : 24h CM, 16h TD, 10h TP
Responsable : Bruno Faivre

« Ecologie Quantitative et modélisation »
50 heures : 18h CM, 10h TD, 22 h TP, 4 ECTS
3,5 ECTS

Partie « Ecologie Quantitative »
28 heures : 14h CM, 10h TD, 12h TP
Responsable : Bruno Faivre

Objectifs : Maîtrise de méthodes d’acquisition des paramètres quantitatifs couramment utilisés pour une première approche descriptive des communautés et des populations.

– Estimateurs de la biodiversité (richesse taxonomique, diversités)
– Méthodes d’estimation de l’abondance et de la densité
– Estimation et analyse de la distribution spatio-temporelle des organismes
– Associations entre espèces, similarités entre communautés
– Analyses multidimensionnelles (Analyse discriminante, ACP, AFC)

Travaux pratiques et dirigés : Application de méthodes d’estimations des descripteurs quantitatifs à partir d’exemples sur documents.

Partie « Modélisation » (Mod)
22 heures : 4h CM, 10h TP
Responsable : François-Xavier Dechaume-Moncharmont

Objectifs : Initiation à la modélisation en écologie

– Introduction à l’utilisation de modèle en biologie
– Systèmes dynamique (équations différentielles et simulations)
– Optimisation

Travaux pratiques : Présentation d’outils de modélisation (équations différentielles, simulation). Exercices sur cas concrets.

« Anglais » (20 heures TD)
Responsable : Michèle Bichot
2 ECTS
Objectifs : Préparation à l’entrée dans la vie professionnelle et acquisition de compétences en anglais scientifique.

– Entrainement à la présentation en anglais d’un contenu scientifique devant un groupe
– Développement des moyens d’expression en anglais à l’oral et à l’écrit
– Entraînement à la compréhension de l’anglais du domaine à partir de documents écrits et sonores.

UE 5 [6 ECTS] « Ecologie Comportementale et Interactions Durables »

50 heures : 33h CM, 12h TD, 5h TP
Responsable : Yannick Moret

Objectifs : Apporter aux étudiants les bases conceptuelles dans deux domaines de l’écologie évolutive : les relations hôtes-parasites et l’écologie comportementale

– Transitions mutualisme-parasitisme
– Parasitisme : virulence et résistance
– Coévolution et Adaptations locales
– Eco-épidémiologie
– Variabilité comportementale interindividuelle et personnalité
– Introduction à la sélection sexuelle et aux systèmes de reproduction
– Comportements sociaux : vue d’ensemble

Travaux pratiques et dirigés :
– Analyse d’articles scientifiques portant sur les interactions durables et l’immunoécologie (TD)
– Illustration de la coévolution grâce à l’utilisation du logiciel de simulation Populus (TD)
– Illustration du coût de l’utilisation du système immunitaire par expérimentation (TP)

2nd semestre

UE 6 [6 ECTS] « Biologie de la Conservation et Gestion des Ecosystèmes »

50 heures : 30h CM, 10h TD, 10h TP
Responsable : Loïc Bollache

Objectifs : Apporter les éléments conceptuels et méthodologiques de la gestion des écosystèmes et de la biologie de la conservation.

– Rappels/compléments sur la biodiversité globale et régionale
– Rappels/compléments sur les processus de réduction de la biodiversité (destruction des habitats, surexploitation, espèces invasives, changements globaux…)
– Populations menacées : processus stochastiques et déterministes
– Concepts et outils de la conservation in- et ex-situ
– Ecologie de la restauration
– Théorie et pratique des plans de gestion

Travaux pratiques et dirigés : Exercices en alternance avec le cours, de façon à concrétiser les acquis théoriques et à faciliter leur compréhension. Exposé à réaliser par les étudiants. Travaux Pratiques sur la gestion des populations de grands cervidés (terrain)

TP sur la gestion des populations de grands cervidés. Le suivi démographique des populations sauvages est un enjeu majeur en biologie de la conservation. Pour illustrer cette problématique, les étudiants du M1 BEE participe chaque année en Février ou Mars aux captures de chevreuil au sein de la zone d’étude de Trois-Fontaine gérée par l’ONCFS. Ce site de 1 360 hectares situé dans le département de la Haute-Marne (Champagne-Ardenne) est totalement clos. La végétation de type chênaie-hêtraie pousse sur des sols limoneux particulièrement fertiles. Ainsi la dynamique de la population de chevreuils de ce site est très élevée et proche du maximum biologique observé pour l’espèce (taux de multiplication de 1,30 à 1,40).
Cette journée permet de participer aux battues, aux captures et à la manipulation des animaux sous la direction des agents de l’ONCFS et d’une équipe du CNRS spécialisée dans l’étude des ongulés.

UE 7 [6 ECTS] « Biologie de la Conservation Théorie »

50 heures : 26h CM, 14h TD, 10h TP
Responsable : François Bretagnolle

Objectifs : Donner un background théorique solide en écologie des communautés et écologie fonctionnelle. Cette unité apporte les éléments conceptuels et méthodologiques de l’écologie des communautés et de l’écologie fonctionnelle en lien avec la biodiversité. Il introduit aussi aux applications de l’écologie fonctionnelle à certaines problématiques de gestions.

– Ecologie des communautés et processus d’assemblages des espèces : Nature des communautés, processus à l’origine des patterns de communautés observées (niche, filtres, histoire évolutive, dispersion, processus stochastiques), Ecologie à large échelle (interactions entre écosystèmes, métacommunautés, écologie du paysage)
– Ecologie trophique et des interactions : contrôle top-down et bottom up, cascades trophiques, structure des réseaux d’interaction (connectance, modularité, nestedness…). Liens entre structure des réseaux et résistance/résilience, extinction fonctionnelles, espèces clé de voûte et parapluie, nature des liens dans le réseau (liens qualitatifs et quantitatifs), métaréseaux, dynamique écoévolutive des réseaux, conséquences des changements globaux sur la dynamique des interactions, des réseaux d’interactions et son implication sur le changement des aires
– Ecologie fonctionnelle et approches fonctionnelles de la biodiversité
– Applications de l’écologie trophique à l’ingénierie écologique et à la lutte biologique
– Application à la gestion des populations (rendement optimal, pêcherie…)

Travaux dirigés :
– Flux d’énergie dans les écosystèmes (rendements écologique, d’assimilation, d’exploitation… nombre de niveaux trophiques potentiels… analyse des facteurs limitants d’après le potentiel énergétiques et liens avec les adaptations des organismes)
– Réflexion sur les réseaux
– Exposé individuel
– Discussion sur thèmes et documents

TP sur la construction d’un réseau d’interaction entre espèces – Le but de ce TP est de vous faire construire et analyser un réseau d’interaction bipartite mutualiste entre des plantes et des animaux. Vous travaillerez à partir de données collectées sur différentes publications. Ces données ont été obtenues à partir de vraies problématiques de recherche à des fins de gestion, de conservation ou d’analyse de fonctionnement d’écosystèmes. Les données vous seront fournies ainsi que l’introduction et les matériels et méthodes des publications desquelles elles sont extraites. Vous serez en charge de constituer le réseau d’interaction et d’analyser les résultats obtenus. Vous présenterez votre travail sous la forme d’un exposé.

UE 8 [6 ECTS] « Biologie de la Conservation Méthodologie »

50 heures : 6h CM, 14h TD, 30h TP
Responsable : Jérôme Moreau

Objectifs : Donner un background opérationnel sur les outils utilisés pour inventorier la biodiversité

– Les différents outils et les nouvelles technologies pour inventorier la biodiversité. Ecologie participative
– Notions de typologie et de hiérarchisation
– Méthode de recensement de la faune (oiseaux, insectes)
– Méthode de gestion des grandes populations (méthode des quotas)
– Méthode de recensement de la faune et de suivi de populations en forêt tropicale
– Méthode de recensement de la biodiversité High-tech (caméra-traps, drones, satellite ADN environnemental)
– Formation au SIG et application concrète

Travaux dirigés :
– Préparation au TP pêche électrique : mise en situation de réponse à un appel d’offre en tant que bureau d’étude
– Mise en application de méthode de recensement des grands cervidés

Travaux pratiques : Principalement sur le terrain au mois de juin
– Diversité biologiques des peuplements piscicoles et qualité de l’eau (pêche électrique)
– Méthode de recensement de l’avifaune (capture aux filets, IPA, IKA, points d’écoutes, repasse)
– Suivi des prairies de fauches en collaboration avec l’ONCFS
– Suivi de la faune nocturne dans un parc à l’aide de Caméra Trap

TP Pêche électrique : Etude de la qualité des eaux sur la ressource piscicole de deux rivières côte d’orienne. Le but de ce TP est de simuler un exemple de travail que vous pourriez exécuter dans un bureau d’étude. Pour ce faire, un appel d’offre factice émanant de la région Bourgogne souhaitant conduire une étude spécifique sur l’impact de la qualité des eaux sur la ressource piscicole de deux rivières côte d’Orienne vous sera fourni. Dans un premier temps, votre travail consistera par petits groupes à répondre à cet appel d’offre par le dépôt d’un dossier et d’un entretien oral, exactement comme le ferait un bureau d’étude. Dans un second temps, vous réaliserez la phase opérationnelle sur le terrain (mise en place du protocole, prélèvement des poissons par pêche électrique, récolte des données morphométriques, analyse de la qualité de l’eau) afin d’examiner la santé des populations piscicoles dans différentes rivières de la Côte d’Or. Dans un dernier temps, vous présenterez le fruit de votre travail ainsi que vos conclusions sous la forme d’un exposé.

 

TP oiseaux : Méthode de recensement de l’avifaune (capture aux filets, IPA, IKA, points d’écoutes, repasse). Au cours d’une matinée, vous participerez aux différentes méthodes existantes permettant de relever la biodiversité aviaire en forêt. Nous réaliserons des captures aux filets maillants afin de déterminer des indices de biodiversité et vous serez initié à la prise des mesures morphométriques et comportementales sur différentes espèces aviaires. Par ailleurs, nous effectuerons des relevés d’indice ponctuel d’abondance et d’indice kilométrique d’abondance par la réalisation de points d’écoutes. Nous pourrons alors comparer ces différents indices de biodiversité. Nous effectuerons ces relevés dans des parcelles de forêts d’âges différents ce qui nous permettra de voir l’importance du paysage sur la répartition spatiale de la biodiversité. Vous serez également initié à la technique de la repasse.

 

TP en collaboration avec l’ONCFS (Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage) : Suivi des prairies de fauches . Ce TP sera réalisé sur le terrain dans le Sud de Dijon en compagnie des agents de l’ONCFS. Au cours de TP, vous aurez l’occasion de rencontrer des acteurs de la protection de l’environnement et de partager avec eux une partie de leur travail notamment sur les écosystèmes prairiaux. Ces écosystèmes prairiaux fournissent une contribution importante à la biodiversité. Les prairies fauchées sont notamment l’habitat plus ou moins exclusif pour la reproduction d’une avifaune spécialisée. Le premier objectif de ce TP sera de réaliser un état des lieux sur les populations nicheuses d’oiseaux prairiaux et de réaliser des relevés de la flore des prairies afin de dégager de potentielles relations entre la diversité aviaire et la diversité floristique. Au cours de ce TP, vous aurez également l’occasion de poser des questions aux agents de l’ONCFS sur leurs métiers.

TP Caméra Trap : Suivi de la faune nocturne dans un parc dijonnais à l’aide de Caméra Trap. Dans ce TP nous proposerons de faire un inventaire de biodiversité à l’aide de pièges photographiques. Le site retenu sera un grand parc de l’agglomération dijonnaise. Nous vous demanderons de réfléchir à une stratégie de positionnement des appareils photographiques en fonction de la faune que vous souhaitez inventorier, de les placer sur sites puis d’analyser les images et films obtenus pour en faire une synthèse. Les résultats devront être exposés.

 

 

UE 9 [12 ECTS] « Stage »

Responsable : Jérôme Moreau

Partie « Communication»
(30 heures : 30h TD)

Objectifs : Acquisition des compétences nécessaires pour communiquer oralement ou par écrit des résultats scientifiques

Travaux dirigés : Principalement sur la base de mise en situation professionnelle
– Présentation de la bibliographie et méthode de recherches
– Présentation des résultats (comment préparer un graphique, présentations des statistiques)
– Présentation des TPs du premier semestre à l’aide d’exposé (méthode de présentation, construction d’un diaporama, méthode de communication orale)
– Présentation d’un rapport : méthode de construction (introduction, matériel et méthode, résultats, discussion, bibliographie)

Partie « Stage de recherche en laboratoire ou entreprise »
(2 mois + 1)

Objectifs : Acquisition d’une première expérience de la vie professionnelle dans le domaine de l’écologie et de l’évolution au sens large, fondamentales ou appliquées validée par l’université. Le stage pourra se dérouler dans un laboratoire de recherche, ou dans tout autre type d’établissement, public ou privé.

Partenaires : Ce stage de recherche ou d’application, a lieu en laboratoire de recherche, ou dans tout autre type d’établissement, public ou privé. Différents types de partenariats ont été développés pour assurer une large gamme de stages en France et à l’étranger. Tous les partenaires s’engagent à proposer des stages de recherche ou d’application aux étudiants du Master BEE. Vous pouvez consultez la liste (non exhaustive) de nos partenaires. Pour vous rendre compte de la diversité des stages que nous vous proposons, nous vous invitons à vous rendre sur les historiques des stages de Master 1 et Master 2.

Voir la liste des stages

Discipline

Crédits ECTS

Semestre

CM

TD

TP

Ecologie Evolutive

6

1

24h

16h

10h

Biologie des Populations et des Communautés

6

1

24h

12h

14h

Biométrie

6

1

20h

12h

18h

Ecologie Quantitative, modélisation, anglais

6

1

24h

36h

10h

Ecologie Comportementale et Interactions Durables

6

1

33h

12h

5h

Biologie de la Conservation et Gestion des Ecosystèmes

6

2

30h

10h

10h

Biologie de la Conservation : Théorie

6

2

26h

14h

10h

Biologie de la conservation : Méthodologie

6

2

6h

14h

30h

Stage (3 mois)

12

2

100h